Здравствуйте!
Извините, что ответили не сразу. К сожалению, других вариантов, отличных от ваших, мы предложить не можем. Идеологически правильнее было бы использовать второй вариант и, думаю, мы будем стремиться его доработать. Вы правильно указали две основные проблемы -  общий нумератор для всех складов и один фактический адрес у фирмы. Вот эти задачи и постараемся решить.
В данный момент без доработки функционала честно скажем, использовать систему вам будет не очень удобно.

Павел, не уверена, что мы можем сделать такой вариант калькуляции, так как у вас в системе синий кабель по 3 метра и синий кабель по 6 метров - это два разных товара, правильно? На основании чего система будет понимать, что их надо считать, как один? Или же вы все-таки продаете кабель по метрам и цена у вас идет за 1 метр? И товар у вас один - Кабель синий?
Сейчас мы согласны, что недоработали момент с наборами, когда в заказе покупателя указан набор, а в заказ поставщику, созданный на основании этого заказа покупателя, состав набора не попадает. Конкретно этот момент мы и взяли в исправление.

Наверное, оно пригодится и там, и там.

Забыли уточнить самое важное.  А какой документ на возврат интересует? Возврат поставщику или возврат от покупателя?

Добрый день! Ждем от вас ответа на последний вопрос. 

Павел, прошу прощения, поспешила отрапортовать о готовности. Думала, мы эту правку выложили вместе с обновлением, но оказалось, что она ушла в следующий релиз. Релиз мы планируем примерно через 3 недели, так что очень надеюсь, что вы согласитесь подождать. 

Хочу обратить ваше внимание, что в строке-основании в накладной на возврат будет написано "Реализация товаров №__ от _____". Не ТОРГ-12 или Накладная,  а именно "Реализация товаров". Такой вариант вас устроит?

Форму в Excel сделаем, взяли на ближайший релиз. 

Сделано, строчки больше не должны наезжать друг на друга.