Здравствуйте! Это значит, что какая-то из партий товаров у вас была оприходована не по закупочной, а по розничной цене. Нужно смотреть документы поступления.
Либо другой вариант - вместо отпускной цены в документах продажи была указана закупочная цена. Тогда нужно смотреть документы продажи.
По сути оба варианта означают, что за сколько вы купили товар, за столько и продали, и система просто предупреждает о такой ситуации.
Если такие варианты изначально не задумывались, то ошибку следует искать с помощью отчета "Партии товаров", где видна себестоимость и движение каждой партии.

Павел, возможно, мы не совсем понимаем друг друга:) Я говорю о том, что сейчас товары из набора действительно списываются с остатков в момент реализации, поэтому и  себестоимость проданного набора можно посмотреть только в отчете о продажах. Про счет на оплату я нигде не упоминала.
А есть другой подход к наборам, который пока что в наших планах. При таком подходе набор формируется не в момент продажи, а в момент комплектации и при этом у набора появляется остаток и себестоимость, а у товаров остаток списывается.

В текущем варианте работы с наборами себестоимость набора можно узнать только в момент его продажи (то есть по отчету о продажах). Закупочную стоимость  можно примерно оценить через автоматический расчет стоимости набора из закупочных цен. При этом закупочные цены должны быть внесены в карточки отдельных комплектующих.
Узнать себестоимость до продажи - это немного другой подход к наборам, до которого, я надеюсь, мы когда-нибудь доберемся - составные части списываются в момент создания набора, а не в момент продажи.

Павел, вряд ли мы сможем сделать такую штуку, поскольку единицы измерения действительно могут самые разные в одном документе. Один товар в литрах, другой в килограммах, третий в штуках, четвертый вообще коробка. Как это все сложить и насколько полезной будет данная информация?

Да, это наша ошибка, которую мы будем исправлять. Сейчас получается, что если набор и комплектующие в одной папке- то набор попадает в отчет о продажах, если в разных - то набор не попадает. 
Оно так и выводится, как вы пишите, если все в одной папке, поэтому мы и не заметили ошибку раньше. И себестоимость набора считается из себестоимости компонентов, и кол-во проданных наборов указывается.

Павел, правильно ли мы понимаем, что состав набора у вас хранится в одной папке, а сами наборы при этом в другой? И вы строите отчет по папке с наборами?

Здравствуйте! Вы правы, этот функционал действительно больше относится к кадрам и в программе пока что не реализован. Однако можно сделать определенную хитрость, продублировав сотрудников в справочнике "Партнеры"  с типом "физическое лицо", и при перечислении денег выбирать этого сотрудника. Сумму за месяц вы сможете смотреть по отчету "Взаиморасчеты", столбец "Увеличение долга партнера", а всю зарплату накопленным итогом - в последнем столбце "Долг партнера".
По данному отчету ваш сотрудник всегда будет вам должен, поскольку не выполняет работ, которые можно было бы закрыть актом.