Павел, скажите, а это вы открыли старый заказ (счет)? Или уже после выхода релиза создали новый?

Павел, проблема понятна, будем смотреть. 

В новом релизе у заказов (они же счета на оплату) будут статусы. Если дать менеджеру склада доступ к изменению заказа, то он может менять статус, к примеру, на "Собран". 

А если все-таки использовать документ "Реализация"? Менеджер торговый создает документ "Реализация" на основании заявки, но не проводит его. Менеджер склада выполняет сборку (у него права только на изменение, прав на проведение нет), после чего менеджер торговый проводит документ. Единственный момент - это коммуникация между менеджерами, как торговому менеджеру понять, что сборка завершена? Можно написать в в комментариях, правда, это не совсем очевидно.