Как установить скидку в рублях, а не в %

Здравствуйте! 

Установить скидку не в процентах, а в сумме возможно только из самого документа (клавиша «Скидки» - «Установить вручную» - Тип «Суммой»). Или как вы и предположили, добавить новый тип цен и проставить стоимость.

а как при добавлении товара в заказ выбрать другой тип цены?

Тип цены указывается во вкладке «Реквизиты документа», в разделе «Цены и валюта».  

Но тогда цена со скидкой применится ко всем позициям в заказе? Как применить ее только к некоторым позициям? (2 позиции идут по цене со скидкой, 2 идут по полной цене)

Если вам нужно добавить в документ товары с разными типами цен, то при выборе другого типа цены в поле «Цены и валюта» снимите галочку «Пересчитать документ». Ранее добавленный товар останется со старым типом цен, а новый добавится с новым.

большое спасибо за ответ, разобрался!