Можно ли оформить заказ покупателю при отсутствии товара на складе?

Здравствуйте! У нас нет ограничений на работу в минус. Но по вашей схеме я не вижу здесь минуса. Главное, что у вас сначала идет поступление товара, а потом реализация, поэтому минус не возникает.
Заказ покупателя создаст минус на складе только в том случае, если вы поставите товар по заказу в резерв. Тогда да, получится, что на складе 0 товаров, а вы ставить 1 штуку в резерв, итого Остаток 0, резерв 1, доступно (-)1.

у нас как раз такая схема, когда по этапам:
1) заказ покупателя
2) заказ поставщику (иногда и не оформляется)
3) поступление товара от поставщика
4) реализация товара покупателю,
но часто бывает так, что сначала оформляется
реализация, потом поступление
Меня не смущает то, что уходит в минус.
Попробуем. Пока еще не до конца дотестировали. Посмотрим.
Спасибо

Ситуации ухода в минус лучше не допускать, либо оперативно закрывать этот минус через оформление поступления датой ДО даты реализации. Иначе отчет о продажах покажет некорректные цифры.