привязка поступления ден. средств по выписке из банк-клиента

Даниил, здравствуйте! Пока что никак. Будем думать, как доработать этот момент.

Да, это очень важно - отслеживать факт оплаты в разрезе документов. Сделайте по аналогии с 1С

Update: Добавлена возможность ручной установки связи между документами. Откройте документ, который необходимо привязать к другому документу. Перейдите на вкладку “Связанные документы”. В поле “Родительский документ” нажмите значок лупы - перед вами откроется список видов документов, с которыми может быть установлена связь. Выберите нужный вид и в открывшемся журнале - конкретный документ. Обязательно сохраните изменения - только после сохранения родительский документ отобразится в структуре.

а нельзя автоматизировать привязку, при загрузке выписки из клиент-банка ?

Даниил, в простом виде, наверное, нет. Все равно для каждого документа надо будет указывать соответствие так или иначе. А с учетом того, что документы  выгружаются непроведенными (со снятой галочкой "учет"), все равно каждый из них нужно открывать.