Не очень понял ваше последнее предложение.
Для начала даже выгрузка по времени будет отличным решением, но выгружать всю базу не целесообразно, ведь большинство товаров не изменились. По-хорошему счету выгрузка полной базы должна производиться 1 раз и потом только подгружаться необходимыми товарами.
Схему автоматической выгрузки вижу следующим образом:
1. Товар купили в магазине.
Товар куплен, количество товара изменилось, автоматически выгружаем остатки товаров у которых изменились остатки из БП на сайт.
2. Товар купили в интернет магазине
После оформления заказ с товарами автоматически выгружается с сайта в БП, при этом количество товара на сайте уменьшается, согласно заказу, а в БП товар резервируется и уменьшается на количество из заказа после полного проведения заказа в базе БП.

В качестве предложения расширения функционала...
Сделать автоматическую выгрузку остатков товаров, как по времени, так и по изменению в базе количества.
Т.е. купили товар и произошла выгрузка, при этом не обязательно выгружать полную базу, достаточно выгрузить только остаток купленного товара.
Тоже самое актуально и для выгрузки заказов с сайта в птицу.
Данный функционал позволил бы максимально актуализировать наличие товара при покупке с интернет магазина.
Сейчас это можно решить ручной выгрузкой несколько раз в день, но при таком подходе, если трафик товара в магазине достаточно большой, то вероятность покупки товара, которого уже нет достаточно высока.

Здравствуйте.
1. Мы можем обойтись без этой функции, но хотелось бы чтобы заявленный функционал работал.

2. Не являюсь программистом, но предположу, что можно сделать условие, которое проверяло бы количество товара при выгрузке и если товара 0, то ставим статус "нет в наличии". Ведь при выгрузке, поля которые не выгружаются как-то по умолчанию заполняются?
3. Спасибо! :)

4. Да, ошибка повторяется. Вы можете проверить это сделав выгрузку из нашей бухгалтерии.

И последний, самый главный вопрос.
Выгрузка прерывается через 300 секунд с 504 ошибкой. Малое количество товаров выгружается хорошо, но если товаров более 1000, то возникают проблемы.
Не смотря на ошибку товары выгружаются 4 из 5 раз нормально и в логе говорится об удачном разборе выгружаемых файлов.
Сначала думал что это проблема у хостера, но на хостинге был протестирован отдельный скрипт, который работал более 10 минут.
Также в .htaccess добавлены следующие строки
RewriteEngine On
RewriteRule .* - [E=noabort:1]
RewriteRule .* - [E=noconntimeout:1]

С атрибутами немного поясню ситуацию. Создаем новые атрибуты, добавляем их любому товару. Например, есть товар туфли, мы добавили атрибуты цвет и размер, сохранили товар. После выгрузки товаров из птицы на сайт атрибуты у товара исчезают.
Модуль поправили, прислали мне на тестирование. Я его установил, скопировал папки с заменой файлов. Выгрузка перестала происходить. Товары выгружаются, но у всех количество равно 0.

речь об интеграции с opencart