Даниил, в простом виде, наверное, нет. Все равно для каждого документа надо будет указывать соответствие так или иначе. А с учетом того, что документы  выгружаются непроведенными (со снятой галочкой "учет"), все равно каждый из них нужно открывать.

Добрый день! Взяли на заметку, но ждем голосов от наших пользователей.

Update: Добавлена возможность ручной установки связи между документами. Откройте документ, который необходимо привязать к другому документу. Перейдите на вкладку “Связанные документы”. В поле “Родительский документ” нажмите значок лупы - перед вами откроется список видов документов, с которыми может быть установлена связь. Выберите нужный вид и в открывшемся журнале - конкретный документ. Обязательно сохраните изменения - только после сохранения родительский документ отобразится в структуре.

Update: На вкладке "Связанные документы" появилось поле "Родительский документ".  Сначала нажимаем лупу в правой части поля, затем из открывшегося списка выбираем нужный нам тип родительского документа и далее уже сам документ. После сохранения изменений родительский документ появится в структуре.