Или так можно сделать только через родительский документ Заказ покупателя?

Да, это подходит. Спасибо

API очень нужен. Я использую не opencart и как взаимодействовать?

Спасибо. Это отличный вариант. Покупатель должен знать этот налог.

Или добавлять к документу реализации услугу Налог и вручную рассчитать величину ... не пробовал, но только такое приходит на ум.

Я так понимаю только делать Расход из кассы?