На данный момент получается так:
Приход товара от поставщика на 1-й склад.
Приход услуг (накладные расходы)
Списание с 1-го склада всего, что пришло
Оприходование на 2-й склад того же объёма, общую сумму указываю уже с учётом суммы накладных расходов (тогда цена сама расчитывается).
Продажи уже со 2-го склада.
Таким образом у меня "правильная" себестоимость с накладными, и есть отдельно себестоимость без накладных, ну и сумма накладных.
Только таким образом в отчёте по партиям двоится расход в штуках, и больше документов чем обычно, ну если закрыть на это глаза то работать можно.

Документ "перемещение" со склада на склад себестоимость не увеличивает, пробовал.

Я за то, чтобы реализовали увеличение себестоимости каким-то документом.