Да, это действительно ошибка. Видим, что для операции продажи в журнале отображается возврат. Исключить оплату по терминалу из журнала "Розница" мы не можем - это противоречит логике формирования общих журналов. А вот поправить ошибку - безусловно.

Подскажите, а в чем выражается "торможение" программы? Медленно открываются формы документов или в чем-то еще? Может ли быть такое, что вы по очереди открываете импортированные документы, но не закрываете их (а просто сохраняете), в результате чего у вас накапливается слишком много открытых окон? При очень большом количестве открытых окон система действительно может подтормаживать (максимальное кол-во зависит еще и от производительности компьютера).
По поводу массового редактирования банковских документов мы обещаем подумать. Изначально нам хотелось, чтобы после импорта из банк-клиента пользователь сознательно открывал каждый документ и проверял его на корректность, после чего ставил галочку "учет".

Виталий, схема у вас, конечно, сейчас хитрая. По поводу того, чтобы добавить в оплату по терминалу партнера, мы будем думать. Изначально такая оплата все-таки задумывалась исключительно для розницы, то есть для обезличенного покупателя. Насколько это ляжет на взаимоотношения с партнерами - надо смотреть, т.к. в планах еще и программы лояльности.
А вот что касается отображения возвратов, здесь уже технический вопрос. Получается, вы указываете тип операции "получение оплаты от покупателя", а в журнале видите напротив этого документа все равно "возврат оплаты покупателю?"

И еще не очень поняла в вашей схеме, почему в журнале "Розинца" пишется возврат?

Скажите, а поступление на счет при импорте из банк-клиента у вас создается с видом операции "договор эквайринга"?  Или как "от партнера"? Может проще вообще удалять это автоматически созданное поступление? Или оно вам принципиально для учета? 

Извините, что не ответили сразу, думаем над путями решения вопроса.