Реализовать такую опцию в отчетах, к сожалению, практически невозможно. Дело в том, что товары с нулевыми остатками не числятся на складе, они существуют только в справочнике.
Для решения данной задачи можно воспользоваться следующими альтернативными вариантами:

1) с помощью документа "Инвентаризация" (Меню - Документы - Склад) - нажимаете на кнопку "Заполнить" , в настройках указываете "Включать товары с нулевыми остатками". Список будет построен по указанному в документе складу, а товары с нулевыми остатками будут взяты из справочника. То есть в этот список попадут все товары с нулевыми остатками, не важно, на каком складе они раньше были.

2) Прайс-лист - создаете новый прайс-лист (Меню - Справочники - Товары, услуги и цены), выбираете нужные вам группы товаров (или все товары), на вкладке "Печатная форма" снимаете флажок в поле "Только товары в наличии". Прайс строится по всем складам.

3) с помощью документа "Заказ поставщику" и автозаполнения по "минимальным остаткам" (кнопка "Заполнить" над списком товаров). Для корректной работы данной функции у всех товаров в их карточках должно быть заполнено поле "Минимальный остаток" значением, отличным от 0. В документ "Заказ поставщику" будут добавлены те товары, у которых остаток меньше минимального. Например, если минимальный остаток равен 1, а товара на складе 0, то в документ попадет товар в количестве 1 шт.